1858.október 10-én született Nyitrán. Iskoláit Rózsahegyen, Losoncon, Nyitrán, Kalocsán és Esztergomban végezte. A római Collegium Germanico-Hungaricumban filozófiai és teológiai tanulmányokat folytatott. Bölcsészdoktorrá avatták, majd 1881-ben pappá szentelték. A teológiai doktorátust is megszerezte. Hazatérése után az esztergomi szeminárium latin-görög tanára lett.

Két évtizeden keresztül volt a Magyar Sion c. lap munkatársa. Egyik alapítója és főmunkatársa lett az Esztergom c. hetilapnak. Kiadta XIII. Leó pápa beszédeit és leveleit, lefordította a Rerum novarum kezdetű enciklikát. Részt vett a Katolikus Néppárt megalakításában. 1904-től a Regnum Marianum vezetője. 1909-ben a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választották, székfoglaló előadásának a címe: Az intellektualizmus túlhajtásai. 1921-ben lett az Akadémia rendes tagja.

Negyvenhét éves korában nevezték ki székesfehérvári püspökké.

"1906-ban püspököt kaptunk Prohászka Ottokár személyében, aki Székesfehérvárnak a magyar földön irigyelt jogos büszkesége. A tudomány, a kutatás, a gondolkodó szellem nagy alakja jött közénk, aki világosságot áraszt a tudomány mélyében, a gondolkodás homályában, és éles ésszel hozta felszínre az örök igazság kristálygyöngyeit. Mint ember, tiszteletet érdemel nagy műveltségéért, értelmének, szellemének, gondolatainak fenségéért, az egyszerűség pedig, amely egyéni jellemének sajátsága, a mélységes szeretet és ragaszkodás érzését szilárdította meg mindnyájunk lelkében. Tudtuk és éreztük, hogy Prohászka Ottokár a társadalom, a közélet a kultúra minden munkájából kiveszi részét, és ha Székesfehérvár visszagondol néhány év történetére, mindenütt és minden téren találkozik a püspök egyéniségével." /Székesfehérvár története IV. kötet/

Rendkívüli érzéket tanúsított a mindennapi élet kérdései iránt. Elméleti felkészültségével, legendás munkabírásával egyszerre volt püspök, lelkipásztor, teológus, filozófus, szociális apostol, közéleti ember, képviselő, újságíró, misztikus.

Hangot adott a háborús szenvedésnek, a szociális kérdések megoldatlanságának. Szónoklataiban, cikkeiben korának kihívásaira modern gondolkodóként válaszolt. Bírálta a szociáldemokrata, kommunista és liberális politikai elveket, a kapitalizmus rendszerét. Ezekkel szemben a keresztényszocializmus megvalósítását sürgette. Ellenfelei azért gyűlölték, mert a szocializmust nem marxi-bolsevista, hanem keresztény-katolikus módjára értelmezte és óhajtotta. /A Károlyi-kertben álló mellszobrát Faludy György és társai ledöntötték./

A baloldal antiszemitizmussal vádolta meg. /Amikor Prohászka a zsidóságról beszélt, akkor a nem asszimilált erkölcsű és normarendszerű népcsoportról szólt, kárhoztatta a szabadkőművesség erkölcsi természetét, és sohasem érintette a vallásos zsidó kisember állampolgári jogait és a nemzethez tartozását./

1911-ben három írását indexre tették. A döntést alázatosan viselte. Továbbra is Magyarország evangelizálására és az egyház korszerűsítésére törekedett, hirdette szociális eszméit, folytatta harcát a kultúráért püspöki jelmondata szellemében: Dum spiro, spero. Sík Sándor szerint Prohászka helye a legnagyobb magyar szónokok közt van. 1921. április 2-án hunyt el.

Néhány műve:
Isten és a világ /1891/
A keresztény bűnbánat és bűnbocsánat /1894/
Föld és ég /1902/
Diadalmas világnézet /1902/
Modern katolicizmus /1907/
Kultúra és terror /1918/